まだ日本に大陸文化が伝わる前で、果物も含めて日本固有の菓子が作られ始めた時代です。田道間守（たじまもり）が、常世の国（遥か海の彼方にあると想定した国）から不老不死の妙薬として持ち帰った「橘の実」がもたらした果実の甘さが菓子の起源となったとされています。

菓子と製法が、遣隋使・遣唐使により大陸から伝わりました。唐菓子に工夫を加え、これまでの簡単な加工品に比べて、味・形・製法の全てにおいて優れた独自の菓子が生まれました。

砂糖が薬として高貴者に用いられ、国内でも砂糖の生産が行われるようになりました。そして茶が伝来し、茶を楽しむ茶道が始まったため、茶菓子（点心、茶子）が求められるようになり、その結果、美しい形や優れた味の菓子が生まれ、現在の和菓子の源流が生まれました。

ポルトガル人やスペイン人によりカステラ、カラメル、こんぺい糖など砂糖や卵を用いた南蛮菓子が持ち込まれ、原料や製法などが我が国の菓子事情に大変革をもたらしました。南蛮菓子は長崎を中心にして全国に広まりました。

点心が茶道と共に発達し、茶道家元が京都に多くあったこともあり、独自の発展をなした上流階級の菓子「京菓子」が生まれました。
また、江戸が政治・経済・文化の中心になり、生活に密着した色々な菓子が作られました。現在の和菓子の殆どがこの時代に作られたといえます。姫路銘菓である上菓子や「かりんとう」もこの時代に作られはじめ、現在の製菓業の基盤ができました。

明治維新以後、ビスケットなど数々の洋菓子が輸入され、日本の菓子文化に大きな影響を与えることになりました。その後、国内でも生産されるようになり、今までは南蛮菓子と呼ばれていた菓子も西洋菓子・洋菓子と呼ばれるようになりました。

第二次世界大戦中は菓子製造がほぼ中止状態となります。終戦後、昭和27年の砂糖や小麦の統制撤廃を機に、菓子業界は活発な動きをみせるようになりました。昭和30年代には、カカオ豆等の輸入が自由化、製菓機械の進歩により、大量生産の時代を迎えました。
また、今まで外国菓子の輸入を一部制限していましたが国際化の波を受け、昭和46年、チョコレート等すべての菓子が自由化されました。

豊かになった食生活に加え、ライフスタイルの多様化の中で人々の健康志向が高まったり、賞味期限表示制度が導入されたりと、菓子の種類や消費態様が多様化しています。また、のど痛緩和、口臭除去、虫歯予防、ダイエットなど機能性を重視した菓子が現れ始めました。